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为了统一龙江地区的斗争政策，以便协调各部统一行动，相互配合作战，在周保中总指挥和三路军李兆麟率部抵达的第三天，经过由总指挥和孟庆山等人经过半个月的研究和讨论的情况，作为目前龙江地区抗日斗争最高领导人的周总指挥和李兆麟总指挥召开了二、三路军龙江地区的团以上干部大会。
会议上讨论了在今后东北抗日作战中的一些根本问题，坚持了党在抗日作战部队今后中的领导权和抗日联军的独立性。会上，周保中重申了在尊重中共抗联党委对部队实行独立领导的组织原则基础。
经研究决定把一路军、二路军和三路军合并最后组建东北抗日联军总司令部于1939年8月成立。总司令：周保中，副总司令：张寿篯（李兆麟）、孟庆山、杨靖宇，政委：魏拯民、副政委冯仲云，崔石源任参谋长，副参谋长汪雅臣，政治部主任李延平，副主任赵敬夫。
为加强领导统一指挥经过讨论把中共东南满、吉东和北满省委的基础上，成立了统一的中共东北党组织特别支部局执行委员会（简称“东北党委员会”），通过选举最后的决定是，由周保中》，为总书记，李兆麟、魏拯民为副书记，成立军事分局，孟庆山为总书记，杨靖宇为副书记，任命汪雅臣、李延平、柴世荣、季青、金策、冯仲云、赵敬夫等为委员。
经过和二路军总部和三路军总部会合，现在全军总共约20000余人，由于各地还有一些联系不上的部队和在南满正在独自作战的一路军。此时经过讨论研究，东北抗日联军总司令部下属4个支队和警卫旅。
第一支队司令员汪雅臣，副司令员张中喜，参谋长王维宇，政治部主任唐永明。辖第一团、第二团、第三团。第一团由四军的老一团组成，团长张发财，副团长王二，政委高云清。二团团长赵富贵，副团长刘强，政委钱庄，三团王连山，副团长孙青风，政委范书豪组成。
第二支队司令员孟庆山（兼），副司令员王文年，参谋长王光宇，政委李延平，政治部主任程文俊。辖第四团、第五团、第六团、第七团。四团团长周岳武，副团长刘承志，政委王啸峰。第五团团长张富宁，副团长张健敏，政委胡殿虎，第六团团长郭邴勋，副团长武志浩，政委张凌峰，第七团是由原三路军三支队和少量的新兵组成，团长王明贵，副团长陈雷，政委王均。
第三支队司令员李兆麟（兼），副司令员柴世荣，参谋长张兰生，政治部主任赵敬夫，政委冯仲云。辖第八团、第九团，第十团。第八团由原三路军第六支队和部分新兵组成，团长耿殿君，副团长冯治纲，第九团由原三路军地九支队和二路军七军组成，团长郭铁坚，副团长王效明，第十团由七军和剩余三路军合并组成，团长（原七军一师师长）王汝起。
第四支队司令员杨靖宇，副司令员魏拯民，参谋长陈翰章，政治部主任韩仁和，辖第十一团、第十二团、第十三团。
同时下令各个支队加强党内建设各根据地的建设，积极开展敌后工作，团结老百姓，开展游击战争，要求抗联各部队认真学习党的抗日统一战线政策和党的战略方针、认真研究东北抗日形势，实事求是地制定斗争策略灵活地做好民众动员工作，一切有利于抗日、一切有利于党的事业的发展。必须坚决服从东北抗联总司令部的战略决策，坚决完成总部下达的各项任务。
为了更好地作战孟庆山一边整编部队，以孟庆山为主，周保中、李兆麟等人为铺对开展教育工作，对由周总指挥和李兆麟总指挥带来的1500名抗联战士的连以上的官兵进行军史、军纪、军规、群众纪律为主的政治教育和五大技术为主的军事教育，讲解着怎样开展游击作战和许许多多。
因为这一次的伏击日军军列孟庆山担心日军的情报部门一定会怀疑这里附近有抗联活动，一定会派人员过来抽查，为了以防万一孟庆山建议到在新兵训练完后四面出击争取在敌人没反应过来时先剁掉他的左臂，这样一方面可以获得粮食一方面也让新兵们见见血，最后决定由抗联总司令部带领总部警卫旅和第三支队向墨尔根、纳河、德都、龙镇挺进扫清敌伪势力，打击日军开拓团势力。
此时的一路军刚刚在副总指挥魏拯民的主持下，原一路军的第二军四、五师在敦化汉阳沟正式合编为第一路军第三方面军，指挥陈翰章，秘密休整整编。
魏拯民在木屋里正在和陈翰章讨论三方面军今后的作战方向，这时外面传来一阵声响。
“首长、首长，二路军发来的电文。”魏拯民的警卫员拿着由东北抗日联军总司令部发出的电文边跑边喊道。
“慢点跑，快拿来给我看看。”魏拯民一边笑着说一边接过电文仔细的看了起来。
“副总指挥二路军那里有什么事情吗？”陈翰章好奇地问道。
看完后魏拯民拍着大腿笑道：“当然有事，是大喜事，经过党委的商量和讨论，把二路军、三路军还有咱们一路军联合起来组建东北抗日联军司令部了，而且二路军已经和三路军会合了。”
“回合了，那我们现在该怎么办？总部有没有什么新的指示？”
“总部命令我们一路军改编成第四支队，总指挥任总司令，我为副司令员，你为参谋长，政治部主任韩仁和，辖第十一团、第十二团、第十三团。让咱们把成员报过去。”
“啊！那我们刚刚组建的第三方面军不是白编了吗？”陈翰章说道。
“没事我们要服从组织上的安排，我看就把你们三方面军编成第十三团吧！”
“我的老天爷啊！这不到两天的功夫从军的编制编成团级的了。”
“你就别抱怨了，我一会儿就走把消息告诉总指挥，总部现在命我们迅速整编部队，三江地区挺近会合第二支队。”
“那我们不要这里了，我们可是经过许多年才打下的根据地，就这样白白浪费了？”
刚才出去的警卫员又拿着一张电文跑了过来说道：“首长，首长，总部急电。”
魏拯民看了一会儿，连忙起身说道：“老陈你现在抓紧整编部队在这里等我消息，我现在立刻去找总指挥。”
说完急急忙忙走出屋外带着警卫员和几名战士急匆匆的而去。